find pode fornecer tudo o que você precisa. Ele tem um pouco mais de sobrecarga, pois realiza mais testes do que ls sozinho, mas se você quiser as informações do caminho na saída, essa pode ser a maneira mais simples de conseguir isso.
Se você for comparar dois sistemas, provavelmente deverá editar primeiro o texto e trocar \ por / e remover o prefixo C: . Em seguida, classifique as listas e use diff para identificar as alterações. sed será seu amigo aqui. Follow-up com um comentário, se você quiser isso também.