Se o banco de dados armazenar as configurações do usuário, ele deverá entrar em ~/.config/<app>/ . Se você quiser enviar uma cópia com as configurações padrão, ela deve ser enviada para / opt / com seus outros arquivos e copiada para ~/.config/<app>/ na primeira vez que o usuário executar seu aplicativo.
/etc/ só deve ser usado para armazenar configurações de todo o sistema, não configurações ou padrões do usuário.