A maneira rápida e suja de desativá-lo é com xmodmap
:
$ xmodmap -e 'clear Lock'
A próxima pergunta é o que você gostaria de fazer com isso? Eu costumo torná-lo uma tecla Ctrl :
$ xmodmap -e 'keycode 66 = Control_L'
Dependendo do seu DE / WM, é provável que haja uma maneira de fazer isso na configuração da GUI. Por exemplo, o Gnome tem uma opção de "layout de teclado" nos painéis de controle com uma guia de opções que inclui várias modificações de layout semelhantes.