Você só pode ter um único core.excludesfile
; a última configuração é aquela usada. No entanto, você não precisa de vários arquivos: o git suporta ~
como uma abreviação para o seu diretório pessoal.
[core]
excludesfile = ~/.gitignore
Em geral, se você realmente precisava ter vários arquivos de exclusão, a solução mais simples seria gerar um único arquivo que fosse a concatenação dos outros e atualizá-lo sempre que um dos arquivos fosse alterado.