dnsmasq é mais simples e, por isso, tem menos recursos. Mas se você não precisa de nada extravagante e desde que você já foi capaz de configurá-lo, você provavelmente não precisa deles.
O Dnsmasq é projetado para pequenas redes locais. Você pode ler em seu site que, em redes pequenas, eles significam até 1.000 computadores, então não é tão ruim assim.
Então, minha resposta é: não há absolutamente nada de errado em usar o dnsmasq em vez do isc-dhcp-server.