Sim, parece que é possível expandir as variáveis do shell no arquivo .tmux.conf
. Parece que não é necessário, mas é uma boa ideia citá-las, esp. Eu consegui fazer isso com sucesso com as opções da barra de status agora.
# In ~/.tmux.conf:
set -g status_left "$MYVAR etc: "
$ export MYVAR="Shell stuff"
$ tmux
Eu não sei sobre qualquer 'if' ou outras estruturas de controle na configuração, mas pode haver.