Você pode usar o gconftool com a chave / apps / gnome-terminal / profiles / Default / background_type (talvez seja necessário usar um nome de perfil diferente de "Padrão"):
gconftool -s -t string /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_type solid
gconftool -s -t string /apps/gnome-terminal/profiles/Default/background_type transparent
Isso foi testado na versão 3.0.1, mas o comando deve ser o mesmo.