Eu tive o mesmo problema, no meu caso eu estava executando "sudo gedit"
de uma conta de usuário; portanto, quando tentou salvar as alterações do dconf, percebeu que o usuário não era root e, portanto, levantou esses erros. Eu resolvi isso executando o gedit como uma "raiz":
sudo -i
gedit &
onde sudo -i
fará o login em uma conta do usuário.