Você não pode.
Não importa o que você faça, seus usuários podem ignorá-lo e armazenar sua senha em um arquivo de texto simples de qualquer maneira. Se você desativar o recurso no binário do cliente, eles farão o download ou compilarão um cliente diferente. Como regra geral, se você configurar medidas de segurança desagradáveis (como ter que digitar uma senha para cada operação do svn), seus usuários irão contorná-los de uma forma que torne a segurança ainda pior. (Por exemplo, escrever um script wrapper que contenha sua senha. O que eles deixarão legível para o mundo.) Portanto, não faça isso.
Para reiterar: você não pode, apenas por medidas técnicas, impedir que os usuários armazenem suas senhas em um arquivo. Você pode proibi-lo, mas se dificultar a vida deles, eles farão isso de qualquer maneira.
Se você estiver preocupado com o laptop ou com o roubo de backup, criptografe o diretório inicial dos usuários. Isso protegerá as senhas e os dados. Se todo o diretório inicial estiver criptografado, a senha de criptografia é geralmente a mesma que a senha de login, por questões de usabilidade. Certifique-se de ter uma política de backup de senha (por exemplo, um envelope lacrado), pois a perda de uma senha de criptografia é irrecuperável.
Se você estiver preocupado com a reutilização de senha, imponha uma senha aleatória (portanto, exclusiva), que será digitada de uma vez por todas no cliente. Tenha um processo simples para alterar senhas comprometidas, é claro.