Há algum tempo atrás, consegui encontrar uma maneira de inverter os arquivos postscript (embora tenha falhado em alguns arquivos, eu acho que os que de alguma forma substituem a mudança).
Adicionar {1 exch sub} settransfer como o primeiro comando no arquivo inverteria as cores do documento (imagens de bitmap incluídas).
Para a conversão de PDF → postscript, você pode usar pdftops de libpoppler (AFAIK, o ghostscript pdf2ps gera resultados abaixo do ideal). Infelizmente, isso não será mantido ao gerar um PDF a partir do arquivo postscript agora negado.
Observe que alguns visualizadores de PDF têm a capacidade de inverter cores, como xpdf (que não inverte bitmaps) e evince (que inverte tudo, aparentemente não importando o formato (PDF , postscript, djvu, ...)