Sim:
xinput set-button-map ID <button map>
Onde você encontra o ID via xinput list e o <button map> é o que você teria passado para xmodmap . Por exemplo, eu substituo botões no meu mouse USB, mas não quero que meu trackpad seja munged, meu ~/.Xmodmap costumava ficar assim:
pointer = 1 17 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 2 18 19 20 21 22 23 24
Mas usar isso muda todos os dispositivos apontadores, incluindo meu trackpad integrado, então sei que xinput id é 10, então executo isso:
xinput set-button-map 10 1 17 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 2 18 19 20 21 22 23 24