Eu tive o mesmo problema usando uma configuração semelhante:
- AMD CPU (embora eu tenha visto relatos do mesmo problema com os processadores da Intel, mas nenhum dos meus hipervisores em execução nos processadores Intel tem esse problema, mesmo com a passagem da CPU ativada).
- Debian, kernel 4.x no hypervisor e convidado (4.9.0-4-amd64 no meu caso em ambos).
Minha solução foi mudar minha VM guest para usar uma CPU emulada do QEMU em vez de uma passagem da CPU. Isso implicou a remoção da linha <cpu mode='host-passthrough'/> do arquivo de definição do convidado.
Atualizar :
Fiz uma investigação mais aprofundada e os elementos problemáticos estavam sob o elemento clock :
<clock offset='utc'>
<timer name='rtc' tickpolicy='catchup'/>
<timer name='pit' tickpolicy='delay'/>
<timer name='hpet' present='no'/>
</clock>
A solução real era remover os três elementos <timer> , após o qual <cpu mode='host-passthrough'/> poderia ser ativado novamente.
Para completar, adicionei uma resposta semelhante ao pergunta vinculada .