Se você não se importar de digitar diretamente acima da borda do painel (o que precisa ser feito para qualquer painel que não toque na linha de status), poderá forçar o tmux
a usar uma janela menor:
set force-height <single_window_height - 1>
No entanto, esta é apenas uma configuração por janela e atua como limite máximo de altura, portanto, ela não fará o que você deseja quando você alterar seus dimesions de terminal.