Eu tenho os mesmos problemas com aplicações qt no Unity (Unity 2D não é afetado). Existe um relatório de erros ativo, mas nenhuma solução até agora:
Minha solução temporária é usar o Unity 2D
Eu tenho uma nova instalação do Ubuntu 12.04 e atualizei todo o sistema na semana passada. (apenas para esclarecer que estou atualizado)
Quando estou usando aplicativos qt como QtCreator, Opera, Dolphin e assim por diante, seus menus de contexto começam a desaparecer depois de algum tempo. Então, não consigo ver os menus quando clico com o botão direito do mouse. Isso pode levar alguns minutos e reiniciar os aplicativos às vezes o corrige (por algum tempo novamente). Parece que a atualização da semana passada não me permite consertar as coisas reiniciando os aplicativos.
Alguém tem o mesmo erro?
(Funciona normal no xfce e no kde)