Esse procedimento sempre funcionou para mim. Eu tentei usar o unetbootin
com o debian, mas por algumas razões eu nunca consegui fazê-lo funcionar para os ISOs do Debian (estranhamente, ele funciona sem problemas para outras distribuições como o Ubuntu, Finnix (ambos baseados no Debian!) E CentOS) .
Mas agora, a partir de Squeeze
release, descobri que a imagem iso da netinstall funciona perfeitamente na USB, também!
Faça o download e faça
dd if=debian-*-netinst.iso of=/dev/sdX
onde /dev/sdX
é seu pendrive.