Suponho que você esteja planejando usar o WUBI no Windows.
Não é necessário desinstalar o Ubuntu dessa partição. Você pode simplesmente parar de usá-lo. Não causa dificuldade em ter várias versões do Ubuntu em um disco. Na verdade eu faço isso o tempo todo. Você deve, provavelmente, instalar o WUBI e usá-lo iniciando no Windows no seu prompt atual.
Você pode querer tornar o Windows sua entrada de inicialização padrão para sua conveniência. Veja Como faço para definir o Windows para inicializar como o padrão no gerenciador de inicialização? Eu entendo que isso é um maneira de fazer o seu sistema inicializar no Windows da maneira que ele originalmente fez.