Se você não quiser tratar a versão em nuvem desses arquivos como primária, uma opção seria armazená-los em um local não sincronizado e copiá-los regularmente para um local sincronizado. Dessa forma, as alterações feitas no seu telefone afetarão apenas a cópia sincronizada e não o original, e se algo der errado com os originais, você deverá ter seu último backup na nuvem.
Você pode manipular a cópia manualmente ou talvez configurar um trabalho cron
para fazer a cópia para você.