Você precisa da opção --update
com createrepo
createrepo --update: Às vezes você tem muitos pacotes em seu repositório e regenera os metadados para cada pacote quando apenas alguns pacotes foram adicionados ou alterados é muito demorado. É aqui que --update vem a calhar. Você roda o createrepo como antes, mas passa o sinalizador --update para ele. Assim:
createrepo --update </path/to/repo>
Agora, o createrepo só atualizará os itens que foram alterados, adicionados ou removidos desde a última vez em que os metadados foram gerados.
Também mencionado em man createrepo
( Referência )