Ambos exFAT e NTFS são sistemas de arquivos proprietários da Microsoft. O exFAT também chamado de FAT64 é um sistema de arquivos muito simples, praticamente uma extensão do FAT32, devido a sua simplicidade, ele é bem implementado no linux e muito rápido.
Mas, devido à sua estrutura fácil, é facilmente afetada pela fragmentação, portanto, o desempenho pode diminuir facilmente com o uso.
O exFAT não suporta o registro em diário, portanto, não é um sistema de arquivos confiável; em caso de corrupção, é difícil reparar e recuperar arquivos perdidos.
O NTFS é mais lento que o exFAT, especialmente no Linux, mas é mais resistente à fragmentação. Devido a sua natureza proprietária, ela não está bem implementada no Linux, como no Windows, mas, pela minha experiência, funciona muito bem. Em caso de corrupção, o NTFS pode ser facilmente reparado no Windows e há muitas ferramentas capazes de recuperar arquivos perdidos.
Pessoalmente, prefiro o NTFS por sua confiabilidade. Outra opção é usar o ext4, e montar no Windows com extfsd , o ext4 é melhor no linux, mas o driver não está bem implementado no Windows. O extfsd não oferece suporte completo ao registro no diário, portanto há um risco de escrever no Windows, mas o ext é fácil de reparar no Linux do que no exFAT.