Isso foi o que fiz para impedir que o som fosse reproduzido nos alto-falantes embutidos mesmo quando os fones de ouvido estão conectados.
- Vá para "Ubuntu Software Center", procure por "GNOME ALSA Mixer" e instale-o.
- Reinicialize a máquina, se necessário.
- Abra o "Misturador do GNOME ALSA". Verifique o 'Mute' abaixo da coluna chamada "Mono". Desmarque o mudo sob outras colunas.
- Yippee! Agora você deve ouvir o som apenas dos fones de ouvido e não dos alto-falantes embutidos.
Por favor, tente isso e deixe-me saber se funciona para você. Isto é para o Ubuntu 12.04 LTS.
Caso você não veja a coluna chamada "Mono", tente fazer isso. No Mixer do GNOME ALSA, verifique a guia Jack Sense dos fones de ouvido abaixo das opções de controle de volume. Isso resolveu o problema para mim.