Verifique se você está usando o botão "remover dispositivo com segurança" antes de remover o cartão do leitor de cartão - para acelerar os dados, o SO armazena os dados na memória, para que o processo de cópia seja concluído mais cedo, mas os dados reais podem não ser ainda escrito no cartão.
Para fazer isso, você precisa clicar no ícone Ejetar próximo à entrada do seu cartão no painel esquerdo do navegador de arquivos e esperar até que o ícone desapareça , indicando que o cartão está desmontado. Pela minha experiência, isso na verdade pode demorar mais do que a operação de cópia original porque as cartas são muito lentas.