Por padrão, sim, as atualizações vêm dos repositórios do Ubuntu.
Quando você começa a colocar camadas em PPAs ou em repositórios comerciais (como costuma acontecer com o passar do tempo), as atualizações serão extraídas deles, se eles contiverem pacotes atualizados. A estabilidade desses pacotes não é controlada pela Canonical ou pelo Ubuntu.
O que você tem que "pesquisar" depende completamente do que você instala e como você o instala.