Desculpe, mas desinstalar e reinstalar o Wubi de dentro do Windows XP é a maneira mais fácil de corrigir esta.
Nota: Desinstalar / reinstalar irá apagar o seu Wubi, incluindo quaisquer dados do usuário (documentos, etc.). Uma maneira de evitar isso é mover / copiar o arquivo
root.disk
para outro diretório na unidade NTFS (C :) do Windows. Depois de reinstalar o Wubi, você pode montar oroot.disk
e copiar os dados do usuário dele.
Como alternativa, você teria que inicializar a partir de um LiveCD, root.disk do Wubi com montagem em loop, fazer o chroot nele e reinstalar os pacotes NTFS. Espero que isso funcione, mas dar-lhe conselhos passo a passo está além do escopo desta resposta.