Algumas razões:
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O esquema baseado no BCrypt não é aprovado pelo NIST.
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As funções hash são projetadas para esse tipo de uso, enquanto Blowfish não foi.
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A segurança adicional é que o BCrypt é baseado em ser computacionalmente caro, em vez do tipo de algoritmo. Confiar em operações computacionalmente caras não é bom para a segurança a longo prazo.
Veja link para alguma discussão sobre isso.