Se você estiver usando um touchpad de synaptics, você pode usar synclient
para ajustar a configuração.
Use os seguintes comandos para o middleclick em dois dedos e para a direita em três dedos:
synclient TapButton2=2
synclient TapButton3=3
O problema: você tem que usar esses comandos após cada inicialização, então você deve colocá-los em um script de inicialização.
Aposto que há uma maneira de configurar isso permanentemente, mas estou usando dessa maneira e funciona bem para mim.