Na documentação do SSH Agent do do Keyring do Keyring ;
The SSH agent automatically loads files in ~/.ssh which have
corresponding *.pub paired files. Additional SSH keys can be manually
loaded and managed via the ssh-add command.
Assim, o Chaveiro do GNOME carregará id_rsa
apenas se existir um id_rsa.pub
correspondente.
Você pode gerar um com ssh-keygen
do arquivo de chave privada
ssh-keygen -y -f id_rsa > id_rsa.pub
Se você não quiser que o Chaveiro do GNOME carregue id_rsa
automaticamente, você deve remover id_rsa.pub
Não consigo encontrar razões técnicas para o motivo de a convenção ter sido escolhida, mas não é um bug.