Os pacotes gnome e gnome-core são meta-pacotes . Removê-los, na verdade, não remove nenhum programa instalado.
Resumidamente, os meta-pacotes são uma maneira de agrupar vários pacotes. Instalar um pacote meta instalará esses outros pacotes, mas removê-lo não irá realmente desinstalar nada. O Synaptic está selecionando-os para a desinstalação porque um de seus componentes está sendo removido. No entanto, você descobrirá que nenhum outro pacote foi removido e ainda poderá usar sua área de trabalho do Gnome.