Você deve conseguir isso com o AppArmor , que permite bloquear o acesso com base no nome do caminho. O tipo de sistema de arquivos não desempenha nenhum papel neste caso.
Outra opção é, claro, usar outro visualizador de PDF. Se você insiste em tê-lo no navegador, por exemplo, o Firefox da versão 19 tem um JavaScript embutido.
Você também pode hackear o plug-in como mencionado no erro do Ubuntu . Agora me lembro de ter feito isso há muito tempo (ou o bug esteve lá por muito tempo ou foi reintroduzido ultimamente), quando eu ainda o estava usando. Se você tem o Perl instalado, você pode "consertar" o plugin com:
perl -p -e 's,C:\nppdf32,/dev/nullperl -p -e 's,C:\nppdf32,/dev/null%pre%,' /usr/lib/browser-plugins/nppdf.so
,' /usr/lib/browser-plugins/nppdf.so
(pode ser necessário atualizar o caminho para o arquivo da sua distribuição).