Isso soa mais como um problema do gerenciador de arquivos não reconhecer corretamente o tipo de arquivo - quase como se ele usasse a extensão para inferir isso (o que é bastante obsoleto). O nome do seu pdf (aquele exportado do libreoffice) termina com .pdf ?
/usr/share/icons (basicamente tudo sob /usr , /lib* , /etc ) é de propriedade "do sistema" e pode ser sobrescrito nas atualizações de pacotes (com exceção dos arquivos de configuração que são tratados de forma ligeiramente diferente).