Tenho certeza de que o comportamento é por design; costumava haver um comentário no código do Compiz dizendo que os filtros do Shadow aplicam-se apenas às janelas que não são decoradas . As antigas soluções alternativas do Metacity não funcionam mais (embora ainda possam estar no Unity 2D, que usa o Metacity).
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Portanto, desabilitar o Sombras em qualquer janela (aqui, o próprio CCSM) não tem efeito enquanto estiver decorado:
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Mas se você também desabilitar a Decoração, as sombras desaparecerão (assim como as barras de título;):
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Solução alternativa: para "desativar" sombras, basta torná-las transparentes: