Você pode colocar qualquer sistema de arquivos em qualquer dispositivo de bloco que desejar. ISO9660 ou UDF são geralmente usados em mídia ótica porque é o que normalmente é esperado. Por exemplo, para o BIOS inicializar a partir do cd, ele deve estar em iso9660. A última vez que tentei, o Windows (XP) não leu UDF, exceto em mídia ótica, embora pareça ser um fs perfeitamente bom para usar em flash drives, uma vez que tem a capacidade de armazenar permissões de linux, mas também pode ser reconhecido pelo windows (apenas não em drives flash). Bastante bobo da Microsoft se recusar a lê-lo em drives flash, se você me perguntar.