As combinações de teclas são armazenadas no GConf - /apps/gnome-do/preferences/Do/Platform/Common/AbstractKeyBindingService/ .
Embora, desde que você tenha marcado este GNOME3, muito provavelmente o seu problema é que o GNOME Shell reivindica a chave Super , então não pode ligar a Super + < kbd> Espaço .
A próxima versão do Do irá notificá-lo quando este for o caso, para que você possa alterar sua atalhos de teclado para algo que funcione.