Você tentou algum software 3D com sua configuração xinerama?
do artigo do Xinerama na Wikipedia :
Em algumas [quais?] implementações, somente renderização direta em OpenGL (3D) funciona em uma das telas. Windows que deve mostrar gráficos 3D em outras telas tendem a aparecer apenas em preto. Isso é mais comumente visto com protetores de tela 3D, que aparecem em uma das telas e em preto os outros. A implementação do Solaris SPARC OpenGL, ATI Proprietary Driver Linux e driver proprietário nVidia Linux suportam hardware renderização acelerada para todas as telas no modo Xinerama.