Você pode fazer isso usando wmctrl
.
Exemplo
Obtenha o ID da sua janela.
$ wmctrl -l
0x02a00004 0 grinchy saml@grinchy:~
0x0620004f 0 grinchy [gnome] Bash command for Maximizing and Unmaximizing windows in gnome? - Google Chrome
Em seguida, alterne a ID da janela 0x0620004f
, assim.
$ wmctrl -i -r 0x0620004f -b toggle,maximized_vert,maximized_horz