Se você quiser desviar arquivos associados a pacotes instalados (ou que pretende instalar), para poder substituí-los por seus próprios arquivos, mas restaurá-los posteriormente, use o comando dpkg-divert .
Como não tenho todos os detalhes da sua situação, seria difícil recomendar uma sintaxe específica, além das informações fornecidas na página de manual.
Diferente do gerenciador de pacotes e das ferramentas que fazem parte dele (incluindo dpkg-divert ), não há nenhuma parte do Ubuntu que modifique os arquivos em /usr , mas se você baixar e executar executáveis do instalador ou construir software da origem e especifique um prefixo de instalação de /usr , os arquivos serão adicionados ou sobrescritos. A maioria dos softwares que você cria a partir da origem e instala com sudo make install terá, por padrão, PREFIX=/usr/local , mas alguns padrões de software são PREFIX=/usr , então vale a pena verificar executando ./configure --help ou lendo Makefile antes de criar e instale o software.
A outra exceção são partes de /usr como /usr/local que devem ser alteradas por outras instalações que não o gerenciador de pacotes. Mas você não parece estar perguntando sobre isso. O conteúdo de diretórios como /usr/bin e /usr/lib só deve ser modificado pelo gerenciador de pacotes, a menos que você os modifique manualmente ou informe a um instalador ou processo de criação de terceiros para colocar arquivos nele.