Isso provavelmente seria melhor como um comentário à resposta do SWE-JSAM - e seria se eu pudesse comentar.
Eu tive o mesmo problema no Ubuntu 15.10 com XFCE 4.12. Já tinha uma versão antiga do eclipse (helios? Eu acho ...) que estava funcionando bem - eu tenho certeza que estava no ubuntu w / xfce quando eu estava usando ele.
A resposta de SWE-JSAM também resolveu o problema para mim.
Imaginei adicionar detalhes extras caso alguém tentasse descobrir o que era comum nesses casos - pareceria ser apenas a versão Mars do Eclipse (e pydev, supondo que Folatt tenha instalado isso - embora ele não queria dizer que o pydev não estava causando o problema, mas sim fornecendo uma maneira de corrigir um problema que poderia ser de outra forma não corrigível?)