A barra vertical char |
é tratada como um caractere especial no seu caso e deve ser ignorada:
echo "f1||f2" |awk -F'\|\|' '{print $1}'
f1
Como alternativa, você pode colocar |
na classe de caracteres:
echo "f1||f2||f3" |awk -F'[|]{2}' '{print $3}'
f3