Finalmente, depois de muita pesquisa, aqui está o que eu encontrei para o Ubuntu 13.10:
$ sudo apt-get install dconf-tools
$ dconf-editor
navegue até org > > gnome > > área de trabalho > > fontes de entrada
Coloque suas opções em xkb-options como uma lista. Ex: ['altwin: ctrl_alt_win', '.. etc ..']
Em seguida, feche o editor do dconf. As mudanças devem vir imediatamente ao vivo.
... Eu colocaria uma screenshot, mas a minha reputação neste fórum não é alta o suficiente, por favor, me dê alguns pontos;)
Ref:
- Como alternar permanentemente o Caps Lock e o Esc
- man 7 xkeyboard-config