O algoritmo é o mesmo. As modernas suítes de sombra usam módulos de autenticação conectáveis (PAM) e o PAM permite configurar um algoritmo de hash. É tudo sobre "salgando", o que significa randomizar a senha para dar o efeito que você está perguntando.
Salgar é uma contra-medida para ataques de dicionário, em que um invasor com um dicionário de pares de senha / hash conhecidos tenta descobrir se o valor de hash fornecido para uma senha desconhecida corresponde ao valor de hash de uma das senhas conhecidas.
Salgar previne que, como um valor de sal diferente leva a um valor de hash diferente, então não importa que a senha seja igual. (Não deixa de ser uma má prática, mas por outras razões.) Para que o ataque ao dicionário tenha sucesso, o atacante agora tem que ter dicionários para cada valor de sal possível. Um sal verdadeiramente aleatório de tamanho suficiente fará com que a probabilidade de sucesso de tal ataque seja insignificante.
Sugestão de leitura: Como as senhas são armazenadas no Linux? utilitários de sombra)