Use a opção -density para definir quantos pixels você deseja por polegada; o padrão é -density 72 .
Além disso, como você está usando o Bash, é possível manipular diretamente o nome do arquivo no loop:
for src in *.pdf ; do
convert -trim "${src}" "${src%.*}.png"
done
sem ter que fazer uma pós-renomeação. ${src%.*} no Bash avalia o conteúdo de src , mas com tudo seguindo um% final. removido. (Se src não contiver . , ${src%.*} será o mesmo que $src .)