rc é, na verdade, um fóssil de um recurso em lote antigo, um runcom ; o seguinte é uma citação de Brian Kernighan e Dennis Ritchie:
There was a facility that would execute a bunch of commands stored in a file; it was called runcom for "run commands", and the file began to be called "a runcom". rc in Unix is a fossil from that usage.
.d é um método padrão para diferenciar entre um arquivo e um diretório (como diretórios são um tipo de arquivo, então eles devem ter nomes diferentes). É frequentemente usado para indicar que os arquivos nesse diretório serão fornecidos para algum propósito, geralmente para permitir a configuração modular.
Existe uma boa ficha informativa sobre coisas como esta no site da Universidade de Indiana .