O primário não é local para o terminal, você pode colá-lo em outros aplicativos X usando o botão do meio do mouse.
O que você deve instalar é o autocutsel :
Autocutsel tracks changes in the server's cutbuffer and CLIPBOARD selection. When the CLIPBOARD is changed, it updates the cutbuffer. When the cutbuffer is changed, it owns the CLIPBOARD selection.
No meu sistema Ubuntu 12.04 eu posso instalar isso com apt-get install autocutsel
, sua distro também pode ter isso.