Você precisa
cd
no diretório do arquivo e, em seguida, execute
wine APPNAME
para executar seu programa.
Por exemplo, o seguinte fornecerá a STBC (e muitos outros aplicativos) um erro de tempo de execução:
wine /home/USER/.wine/drive_c/Program\ Files\(x86\)/Activision/Bridge\ Commander/stbc.exe
O conjunto correto de comandos a usar é:
cd /home/USER/.wine/drive_c/Program\ Files\(x86\)/Activision/Bridge\ Commander
wine stbc.exe
Isto é aparentemente porque dá ao aplicativo o diretório de trabalho correto, o que não acontece com o primeiro exemplo.
Como colocar o conjunto de comandos em um único comando para uso em um arquivo .desktop (atalho), no entanto, é algo que eu não sei como fazer, então eu simplesmente criei um script bash contendo ambos os comandos e vinculou o arquivo .desktop ao invés disso.