Eu imagino que column
não saiba que \e[7m
é uma seqüência de escape v100 que não ocupa espaço na saída. Parece que os códigos de caracteres 0 a 037 não ocupam espaço. Você pode obter o que deseja colocando a sequência de escape inicial em uma linha própria e removendo a nova linha da saída:
printf '\e[7m\n1\t2\t3\e[0m\nasdasdasdasdasdasdasd\tqwe\tqweqwe\n' |
column -ts $'\t' |
sed '1{N;s/\n//}'