lsmod lista todos os módulos carregados e tem uma coluna Used by . Se isso for 0 para o módulo A, nenhum outro módulo carregado terá dependência.
Isto não significa que remover o módulo seja seguro.
Não há como pensar que você poderia determinar se um módulo está "em uso". Os módulos de driver de dispositivo (geralmente) aumentam sua Used by count quando estão realmente manipulando um dispositivo. (Isso vale também para dispositivos virtuais.) Mas não acho que você possa contar com isso.
por exemplo. No momento, eu tenho os módulos coretemp e lm90 carregados. Seu Used by count é zero, mas eles estão "em uso" (monitoramento temp.).