Uma das melhores coisas do FreeNAS é que ele usa o ZFS. O ZFS possui um poderoso recurso chamado instantâneos. Você pode tirar instantâneos do sistema de arquivos rapidamente. Com o snapshotting, você pode tornar os backups mais fáceis e mais frequentes. E também não sei por que você precisaria de gerenciadores de pacotes e servidor web em um servidor de armazenamento dedicado? Btw FreeNAS tem ferramentas de administração baseadas na web. E eu realmente não recomendo que você instale nada além do sistema operacional em qualquer servidor de armazenamento, a menos que você não esteja realizando operações críticas.
Leia também isto! link
Com o FreeNAS você apenas o instala e usa. Ótimas ferramentas de administração da web.
MAS. Pessoalmente, só vou usar o FreeNAS em coisas mais sérias. Antes disso, eu estava apenas brincando com ele. Então eu realmente não sei sobre o rock oculto ao usar o FreeNAS.
Com o Linux, você teria mais flexibilidade, mas também precisaria configurar tudo sozinho.
Você tem uma escolha.