top sempre exibe espaços até a última coluna da tela. Você simplesmente não percebe quando está imprimindo no terminal porque não consegue distinguir visualmente uma linha com espaços à direita de uma linha sem espaço à direita. Você notará os espaços se copiar e colar com o mouse ou em screen .
Se você quiser se livrar dos espaços, basta filtrá-los.
COLUMNS=9999 top -b -c -n 1 | sed 's/ *$//' >>/var/log/toplog/top.log
Não importa o que você esteja executando top , provavelmente existem ferramentas de monitoramento muito melhores disponíveis.