Você não está confuso sobre qual dconf você está usando.
O dconf adota a abordagem que, na configuração padrão, não deve haver arquivos em /etc/ . Você só adiciona arquivos lá se quiser fazer alterações na configuração padrão. Por esse motivo, é verdade que /etc/dconf/ não existe por padrão. Você precisa criá-lo e preenchê-lo de acordo com a documentação na página wiki para configurar os perfis.
Você pode indicar um perfil do dconf em outro diretório. Por exemplo:
export DCONF_PROFILE=/home/user/mydconfprofile