Eu acredito que pode haver alguns arquivos ainda abertos por alguns processos. Você pode tentar listá-los usando
lsof | grep username | grep deleted
Uma versão melhor seria usar
lsof +L1 | grep username
No entanto, às vezes pode haver discrepância na saída entre du
e quota
, o que é explicado neste link . Trecho do link,
In Unix, the du and quota commands may report different values. The reason for this discrepancy is that the process which goes through the file system, checks quotas, and updates the usage tables only runs at specific times. Therefore, there will be periods between quota checks that the quota -v command will report incorrect disk usage. Use the du command for the most accurate information about the size of your files.