Você instalou os extras restritos do Ubuntu (plugins / codecs)? Instruções para fazer isso podem ser encontradas em esta postagem , no ponto # 2. Apenas perguntando, porque sempre que tenho problemas como esse, geralmente é porque algo não está instalado corretamente.
Além disso, não tenho certeza se você está usando o Movie Player porque é parcial ou porque é tudo o que tem agora. Eu tentei vários jogadores de filme no Ubuntu, e IMHO o melhor é o VLC. Veja o ponto # 5 da mesma postagem para informações sobre como instalar isso.